El nivel secundario de salud, está compuesto por la red de hospitales dependientes del Servicio de Salud Aconcagua, de los cuales dos son de mayor complejidad: Hospital San Camilo de San Felipe y Hospital San Juan de Dios de Los Andes; un hospital de especialidad psiquiátrica: Hospital Dr. Philippe Pinel; un hospital de menor complejidad: Hospital San Francisco de Llay Llay; y un hospital de menor complejidad: Hospital San Antonio de Putaendo.

Para acceder a las atenciones de especialidad o a los programas de salud de nivel secundario los usuarios deben ser derivados desde el nivel primario de atención mediante una interconsulta que el médico del centro de salud familiar (CESFAM) emite al hospital que corresponda, de acuerdo a protocolos de derivación y mapas de red.

En el caso de las urgencias, el acceso se realiza a través de consulta espontánea a las Unidades de Emergencia de los 5 establecimientos hospitalarios o dispositivos de urgencia de Atención Primaria de salud. SAPU o SUR, según corresponda a la complejidad.

Las prestaciones que realiza este nivel son consultas, procedimientos diagnósticos, procedimientos terapéuticos e intervenciones quirúrgicas en cada una de las especialidades. Cabe señalar que estas especialidades se desarrollan en uno u otro hospital, complementándose entre sí para atender las necesidades de todos los habitantes de Aconcagua.